臭化エチジウム（Ethidium Bromide, EtBr）

臭化エチジウム（Ethidium Bromide, EtBr）は、DNAやRNAに対して強い親和性を持つ蛍光性の化学物質である。主に分子生物学の実験で、核酸を可視化するための染色剤として広く使用されている。

1. 基本情報

• 化学式: C₂₁H₂₀BrN₃
• 分子量: 約394.31 g/mol
• 性質:
  • オレンジ色の結晶性粉末。
  • 水やエタノールに可溶。
  • 紫外線を当てると蛍光を発する。

2. 用途

臭化エチジウムは、主に分子生物学や遺伝学の研究において以下の用途で使用される。

2.1 核酸の可視化

• DNA・RNA染色:
  • 電気泳動後のアガロースゲルやポリアクリルアミドゲルで、DNAまたはRNAを可視化するために使用される。
  • DNAやRNAと相互作用することで蛍光を発し、紫外線照射下で観察が可能となる。

2.2 核酸量の確認

• 核酸の濃度や存在を簡易的に確認する目的で利用される。

3. 作用機構

• 臭化エチジウムは、インターカレーション（intercalation）と呼ばれる機構でDNAの二重らせん構造に挟み込まれる。
• この作用により、DNAの構造に軽微な変化を与えつつ、蛍光強度を増大させる。
• フリー状態の臭化エチジウムは弱い蛍光を示しますが、DNAやRNAと結合すると蛍光が顕著に強くなる。

4. 応用例

4.1 電気泳動による核酸解析

• DNA断片の分離やPCR産物の確認に利用される。
• 電気泳動のゲルに臭化エチジウムを混入させるか、泳動後にゲルを染色する。